Análisis de la Sentencia del Tribunal Supremo núm. 230/2026 (Sección Tercera), de 26 de febrero de 2026, sobre la determinación del dies a quo del plazo de prescripción de cuatro años en procedimientos de reintegro de subvenciones cuando concurren procedimientos anteriores de reintegro sobre la misma subvención.
- Materia objeto del pleito
La sentencia del Tribunal Supremo objeto del presente análisis resuelve un recurso de casación en el ámbito del derecho de subvenciones y, concretamente, entorno a dos cuestiones estrechamente imbricadas: la correcta determinación del dies a quo del cómputo del plazo de prescripción de cuatro años establecido en el artículo 39 de la Ley 38/2003, de 17 de noviembre, General de Subvenciones (en adelante, LGS), y la admisibilidad jurídica de que la Administración concedente instruya sucesivos procedimientos de reintegro sobre una misma subvención cuando, a raíz de actuaciones de control o fiscalización posteriores, se detectan causas de reintegro distintas de las que motivaron el procedimiento originario.
El litigio se encuadra en el marco normativo de la Ley 38/2003, General de Subvenciones, y concretamente en la interpretación de sus artículos 39 y 49, relativos, respectivamente, a la prescripción de la acción de reintegro y al procedimiento de control financiero. La controversia nuclear radica en determinar si la resolución que pone fin a un primer procedimiento de reintegro constituye un acto administrativo idóneo para interrumpir o desplazar el dies a quo del plazo de prescripción que resulta aplicable a un segundo procedimiento de reintegro instruido sobre la misma subvención, cuando ambos procedimientos traen causa de irregularidades detectadas en fases distintas del proceso de justificación y control.
II. Hechos fácticos relevantes
2.1. La subvención concedida y el marco normativo aplicable.
La CEOE fue beneficiaria de una subvención pública, identificada con el expediente F20100217, otorgada por el Servicio Público de Empleo Estatal (SEPE) para la ejecución de un plan de formación de ámbito estatal dirigido prioritariamente a trabajadores ocupados, al amparo del Real Decreto 395/2007, de 23 de marzo (subsistema de formación profesional para el empleo), de la Orden TAS/718/2008, de 7 de marzo (bases reguladoras para la concesión de subvenciones para formación de oferta), y de la Resolución de 1 de febrero de 2010 del SEPE (convocatoria de subvenciones para la ejecución de programas específicos de ámbito estatal).
El artículo 22 de la citada Resolución de convocatoria establecía un sistema dual de justificación de la subvención: la beneficiaria podía optar entre la presentación de cuenta justificativa con justificantes de gasto o con informe de auditor. Si optaba por la segunda modalidad —como efectivamente hizo la CEOE—, quedaba eximida de la obligación de aportar junto con la cuenta justificativa las facturas y documentos acreditativos de los pagos correspondientes a los gastos subvencionados.
2.2. El primer procedimiento de reintegro y su resolución (2013).
El SEPE instruyó un primer procedimiento de reintegro (expediente F20100217) que, habida cuenta de que la CEOE había optado por la justificación mediante informe de auditor, se limitó al análisis de la cuenta justificativa y del referido informe, sin extenderse a los documentos acreditativos de gasto y pago. El procedimiento concluyó mediante resolución de 20 de junio de 2013 dictada por la Directora General del SEPE, que acordó el reintegro parcial de la subvención por importe de 178.763,95 euros (166.815,45 euros de principal más 11.948,50 euros de intereses de demora). La resolución fue notificada a la CEOE el 5 de julio de 2013 y la beneficiaria interpuso recurso de alzada el 1 de agosto de 2013.
2.3. El Informe de Fiscalización del Tribunal de Cuentas y las actuaciones de FUNDAE (2014-2015).
Con fecha 25 de junio de 2014, el Tribunal de Cuentas emitió informe provisional de fiscalización sobre la gestión de la Fundación Tripartita para la Formación en el Empleo (en la actualidad, FUNDAE) en relación con el subsistema de formación profesional para el empleo en materia de formación de oferta. El informe definitivo fue emitido el 30 de octubre de 2014. En su seno se pusieron de manifiesto determinadas deficiencias en la gestión de la subvención concedida a la CEOE que no habían sido detectadas en el primer procedimiento de reintegro, y el Tribunal de Cuentas recomendó a FUNDAE que analizase las situaciones expuestas y, en su caso, iniciase un nuevo procedimiento de reintegro. En ejecución de dicha recomendación, FUNDAE remitió a la CEOE, en fecha 19 de febrero de 2015, un requerimiento de documentación relativo a seis notas de cargo por importe de 36.407,00 euros presentadas por la Federación Toledana en concepto de material didáctico. La CEOE contestó el requerimiento el 2 de marzo de 2015.
2.4. El segundo procedimiento de reintegro (2017-2019) y la resolución impugnada.
En fecha 29 de marzo de 2017 se incoó un segundo procedimiento de reintegro sobre la misma subvención F20100217, que fue notificado a la CEOE el 31 de marzo de 2017. El procedimiento concluyó mediante resolución de la Dirección General del SEPE de 15 de febrero de 2018, que acordó el reintegro parcial de la subvención, resolución que fue recurrida en alzada y parcialmente estimada por resolución de la Secretaria de Estado de Empleo de 17 de diciembre de 2019, ordenándose finalmente el reintegro de 1.383.456,13 euros (1.031.283,43 euros de principal más 352.172,70 euros de intereses de demora).
2.5. La sentencia de la Audiencia Nacional y el recurso de casación.
La Sección Cuarta de la Sala de lo Contencioso-Administrativo de la Audiencia Nacional, mediante sentencia de 26 de octubre de 2022 (recurso núm. 325/2020), estimó el recurso interpuesto por la CEOE y anuló la resolución de reintegro, al considerar que la acción de la Administración había prescrito. La Sala de instancia fijó el dies a quo del cómputo prescriptorio en el 30 de junio de 2011 (fecha de vencimiento del plazo de justificación) y concluyó que ni el procedimiento de fiscalización del Tribunal de Cuentas ni el requerimiento de FUNDAE de 19 de febrero de 2015 habían interrumpido la prescripción, de modo que cuando se notificó la incoación del segundo procedimiento el 31 de marzo de 2017 ya habían transcurrido más de cuatro años.
III. Cuestión de debate
El auto de admisión dictado por la Sección Primera (de Admisión) de la Sala de lo Contencioso-Administrativo del Tribunal Supremo, en fecha 2 de noviembre de 2023, identificó la siguiente cuestión con interés casacional objetivo para la formación de jurisprudencia:
“Interpretar los artículos 39 y 49 de la Ley 38/2003, de 17 de noviembre, General de Subvenciones, a fin de determinar si pueden ejercitarse sucesivos procedimientos de reintegro si se detectan nuevas causas de reintegro, y si los actos de la Administración y de los beneficiarios realizados en un procedimiento de reintegro por causas determinadas sirven para interrumpir la prescripción de cara al ejercicio de la exigencia de reintegro por motivos diferentes a los del primer procedimiento”.
La controversia suscitaba, en el fondo, dos interrogantes jurídicos de relevancia práctica. El primero consistía en determinar cuál debe ser el dies a quo del cómputo del plazo de prescripción de cuatro años cuando, sobre una misma subvención, se han tramitado sucesivos procedimientos de reintegro: si dicho dies a quo ha de fijarse en el momento de vencimiento del plazo de justificación —conforme al artículo 39.2.a) LGS—, o si, por el contrario, la existencia de un primer procedimiento de reintegro notificado al beneficiario desplaza ese dies a quo de conformidad con lo dispuesto en el artículo 39.3.a) LGS. El segundo interrogante, de carácter estructural, era el de si el ordenamiento jurídico permite a la Administración concedente instruir un segundo —o ulterior— procedimiento de reintegro sobre la misma subvención cuando, con posterioridad a la resolución del primero, se detectan nuevas causas o irregularidades no examinadas en aquel primer procedimiento.
IV. Ratio decidendi
El Tribunal Supremo estructura su razonamiento entorno a dos ejes argumentales principales: en primer lugar, la corrección jurídica del dies a quo empleado por la Sala de instancia para el cómputo del plazo de prescripción; en segundo lugar, la admisibilidad de un segundo procedimiento de reintegro sobre la misma subvención a la luz de las peculiaridades del régimen de justificación aplicable. El resultado es la estimación del recurso de casación, la anulación de la sentencia de la Audiencia Nacional y la retroacción de actuaciones para que la Sala de instancia examine el resto de las alegaciones formuladas por la CEOE.
4.1. El error en la determinación del dies a quo y la virtud interruptiva del primer procedimiento de reintegro.
El Tribunal Supremo discrepa de la premisa de la que parte la sentencia de instancia. La Audiencia Nacional había fijado el dies a quo del cómputo prescriptorio en el 30 de junio de 2011, fecha de vencimiento del plazo de justificación de tres meses previsto en el artículo 22 de la Resolución de convocatoria de 1 de febrero de 2010. Sobre la base de ese dies a quo, y ante la falta de actos interruptivos válidos, concluía que cuando se notificó la incoación del segundo procedimiento de reintegro —el 31 de marzo de 2017— ya había transcurrido sobradamente el plazo de cuatro años.
Sin embargo, el Alto Tribunal identifica el error esencial en que incurre la Sala de instancia: haber ignorado por completo la existencia de un primer procedimiento de reintegro cuya resolución fue notificada a la CEOE el 5 de julio de 2013. El Tribunal es categórico al respecto:
“A los efectos del cómputo del plazo de prescripción, la sentencia recurrida no ha valorado la resolución de 20 de junio de 2013 que puso fin a un primer procedimiento de reintegro que acordó el reintegro de la cantidad de 178.763,95 euros […] en relación con el expediente de la subvención F20100217. Resolución administrativa que la beneficiaria conoció en fecha 5 de julio de 2013 e, incluso, interpuso recurso de alzada en fecha 1 de agosto de 2013. En definitiva, ese primer procedimiento de reintegro es una actuación administrativa realizada con conocimiento formal del beneficiario que determina la interrupción del plazo de prescripción, como así señala el artículo 39.3.a) de la Ley 38/2003, de 17 de noviembre, General de Subvenciones.”
La consecuencia jurídica es directa y determinante: al operar la interrupción del plazo de prescripción con motivo del primer procedimiento de reintegro, el dies a quo del cómputo del nuevo plazo cuadrienal se desplaza al 5 de julio de 2013 —fecha de notificación de la resolución que puso fin al primer procedimiento—. Y entre esa fecha y el 31 de marzo de 2017 —notificación de la incoación del segundo procedimiento— no habían transcurrido cuatro años. La acción de la Administración, por tanto, no había prescrito.
“Por consiguiente, la acción de la Administración no ha prescrito, porque no ha transcurrido el plazo de cuatro años entre el dies a quo del cómputo de ese plazo —5 de julio de 2013, que es la fecha en la que se notifica la resolución de 20 de junio de 2013 que puso fin al primer procedimiento de reintegro— y la fecha en la que se notifica al beneficiario la incoación de otro procedimiento de reintegro —31 de marzo de 2017—.”
4.2. La admisibilidad del segundo procedimiento de reintegro y el carácter provisional del primero.
Una vez resuelta la cuestión del dies a quo, el Tribunal Supremo afronta el examen de si la Administración estaba jurídicamente habilitada para instruir un segundo procedimiento de reintegro sobre la misma subvención. El análisis arranca de las peculiaridades estructurales del régimen de justificación aplicable.
El Tribunal recuerda que el artículo 22 de la Resolución de convocatoria de 1 de febrero de 2010 establecía dos mecanismos de justificación alternativos. Al haber optado la CEOE por la modalidad de cuenta justificativa con informe de auditor, quedaba eximida de aportar las facturas y documentos de pago correspondientes a los gastos subvencionados, de modo que el primer procedimiento de reintegro solo pudo examinar la cuenta justificativa y el informe de auditor, sin extenderse a la documentación de soporte de los gastos. La propia resolución de 20 de junio de 2013 dejaba constancia de ello al indicar que el procedimiento se había instruido «sin perjuicio de las actuaciones de control y seguimiento de la formación establecidas en el artículo 38 del Real Decreto 395/2007».
A partir de esta constatación, el Tribunal formula la siguiente conclusión:
“En definitiva, atendidas las peculiaridades del régimen de esta subvención en cuanto al sistema de justificación de los gastos subvencionables, podemos afirmar que ese primer procedimiento de reintegro no impedía a la Administración iniciar un segundo procedimiento de reintegro si, como así sucedió en la fiscalización y comprobación de la documentación posteriormente reclamada, se detectaban irregularidades determinantes de causas de reintegro de la subvención recibida.”
La lógica que subyace a esta conclusión es la siguiente: si en el momento de tramitarse el primer procedimiento la Administración no disponía, y no estaba en condiciones de disponer, de los documentos justificativos de gasto y pago por haberlos dispensado el propio sistema de justificación establecido en la convocatoria, mal puede sostenerse que ese primer procedimiento agotó o precluye el ejercicio de la acción de reintegro frente a irregularidades que, por definición, solo pudieron detectarse en una fase de control posterior. De ahí que el Tribunal califique ese primer procedimiento de reintegro como dotado de un carácter provisional:
“Por las razones expuestas, ese primer procedimiento de reintegro tiene un carácter provisional y, por tanto, la Administración puede iniciar un segundo procedimiento de reintegro, sin que ello suponga, en este caso, la vulneración del principio de confianza legítima, ni tampoco la del principio de seguridad jurídica del beneficiario. Ello es así toda vez que, la Administración, cuando resuelve ese primer procedimiento de reintegro, no había podido examinar en su totalidad la documentación esencial acreditativa del gasto y del pago que le hubiera permitido un análisis completo de la correcta gestión del uso de los fondos públicos recibidos por el beneficiario.”
V. Conclusión
La STS núm. 230/2026, dictada por la Sección Tercera de la Sala de lo Contencioso-Administrativo del Tribunal Supremo, contiene una contribución interesante en la delimitación del régimen de prescripción de la acción de reintegro de subvenciones y en la configuración de los efectos jurídicos que, sobre el dies a quo del nuevo cómputo prescriptorio, produce la existencia de un procedimiento de reintegro anterior sobre la misma subvención.
Desde el plano de la prescripción, la sentencia fija con claridad que la notificación de la resolución que pone fin a un procedimiento de reintegro constituye una actuación administrativa realizada con conocimiento formal del beneficiario que produce el efecto interruptivo contemplado en el artículo 39.3.a) LGS. A partir de esa notificación, comienza a correr un nuevo plazo cuadrienal de prescripción, cuyo dies a quo no es el momento del vencimiento del plazo de justificación —previsto en el artículo 39.2.a) LGS como dies a quo originario—, sino la fecha en que el beneficiario recibe el conocimiento formal de la resolución del primer procedimiento.
Desde el plano de la admisibilidad de sucesivos procedimientos de reintegro, la sentencia aporta una solución fundada en las peculiaridades del sistema de justificación de la subvención concedida. La clave del razonamiento del Tribunal reside en la constatación de que el primer procedimiento de reintegro tuvo carácter provisional porque, en ese momento, la Administración no disponía —ni estaba en condiciones de disponer— de la documentación acreditativa de los gastos y pagos reales realizados con los fondos públicos, al haber optado el beneficiario por la modalidad de justificación mediante informe de auditor. Si la Administración no ha podido examinar en su integridad la corrección de la gestión de los fondos públicos a causa de la propia estructura del sistema de justificación establecido en la norma de concesión, resulta conforme a derecho que, una vez obtenida esa documentación en el seno de una actuación de control o fiscalización posterior, pueda instruir un nuevo procedimiento de reintegro frente a las irregularidades que solo en ese momento ha podido detectar. Consentir lo contrario equivaldría a premiar la elección de la modalidad de justificación más favorable al beneficiario con la inatacabilidad de los incumplimientos documentales que esa misma elección ha impedido detectar.
